（1）枯草芽孢桿菌雖然能夠凈水防病，但它并非能防止所有病害的發生，養殖者應密切關注水體狀況，以多種手段綜合防治。
（2）枯草芽孢桿菌并非用的越多越好，因為它是一種好氧菌，過量使用會造成水體缺氧，引發養殖水產品因缺氧而死亡。
（3）使用枯草芽孢桿菌前應先在水中使菌體活化數小時后再潑灑，因為產品中的細胞均以芽孢狀態存在，處于休眠狀態，不具備代謝能力，如果直接投入會效果緩慢；經過活化的芽孢桿菌投入水體后，代謝旺盛，能在池塘中迅速增殖，分解大量有機質，效果好。
（4）枯草芽孢桿菌不要與殺菌劑一同使用。否則枯草芽孢桿菌會被殺死，起不到凈水作用。根據水體狀況、養殖密度及天氣情況，結合增氧設備，既能保證水體得以凈化，又能保證魚類的正常活動。